いつから起きていたのか分からないが、BlueOnyxのログイン画面でエラー出ていた。こちらのページと同一症状だった。
Serversman@VPS PHPのバージョンアップでハマる
再度PHPのVerupにチャンレジ

Deprecated: Function eregi() is deprecated in /usr/sausalito/ui/web/login.php on line 7
Deprecated: Function eregi() is deprecated in /usr/sausalito/ui/web/login.php on line 10
Fatal error: Call to undefined function ccephp_new() in /usr/sausalito/ui/libPhp/CceClient.php on line 27

eregi()関連のエラーはこちらのサイトを参考にさせていただき解決できた。
Function ereg() is deprecated
Function ereg() is deprecated エラーの対応方法

しかしながら、ccephp_new()のエラーが解決できなかった。
というわけで初期化、以下のサイトを参考にさせていただきphp5.2のインストールと設定を行った。
BlueOnyx 5106Rでphp5.2を利用してみた
BlueOnyxのPHPを5.2にする

結果としてphp5.2.16がインストールされ、かつBlueOnyxへも入れるようになった。
# rpm -qa | grep php
base-phpmyadmin-locale-ja-1.0.0-0BO09.centos5
base-phpsysinfo-locale-da_DK-1.0.1-0BQ07.centos5
php-5.2.16-jason.1
base-phpmyadmin-ui-1.0.0-0BO09.centos5
base-phpsysinfo-locale-de_DE-1.0.1-0BQ07.centos5
php-common-5.2.16-jason.1
php-mysql-5.2.16-jason.1
php-pear-1.4.9-6.el5
php-pear-Net-Socket-1.0.8-1.el5.centos
base-phpmyadmin-capstone-1.0.0-0BO09.centos5
php-pear-Mail-1.1.14-1.el5.centos
php-imap-5.2.16-jason.1
base-phpsysinfo-locale-en-1.0.1-0BQ07.centos5
base-phpmyadmin-locale-en-1.0.0-0BO09.centos5
base-phpmyadmin-locale-de_DE-1.0.0-0BO09.centos5
phpMyAdmin-2.11.9.4-3.centos5
php-pear-Net-SMTP-1.2.10-1.el5.centos
base-phpsysinfo-capstone-1.0.1-0BQ07.centos5
php-pdo-5.2.16-jason.1
php-devel-5.2.16-jason.1
php-mbstring-5.2.16-jason.1
mod_suphp-0.7.1-0BX08
base-phpsysinfo-glue-1.0.1-0BQ07.centos5
base-phpsysinfo-ui-1.0.1-0BQ07.centos5
php-pear-Auth-SASL-1.0.2-4.el5.centos
php-gd-5.2.16-jason.1
base-phpmyadmin-glue-1.0.0-0BO09.centos5
base-phpmyadmin-locale-da_DK-1.0.0-0BO09.centos5
php-cli-5.2.16-jason.1


この後に一通り環境再設定も終えた後もBlueOnyxは正常に動いている。