viは苦手なのでnano使って設定作業しています。
操作法が直感的で好ましい。

主に下記を参考にさせていただき設定した。
ServersMan@VPSの導入（３）～サイト登録前のおまじない～
ServersMan@VPSの導入（４）～BlueOnyx設定編～
中でも、ちょっと迷った分だけ抜き出してみる。

CGIを利用する場合は、「CGI（Common Gateway Interface）を有効にする」をOFF
さらに、下記ファイル訂正
# nano /etc/httpd/conf/vhosts/site1.include

AddHandler cgi-script .cgi
AddHandler cgi-script .pl
<Directory /home/.sites/xx/site1/web/>
Options ExecCGI
</Directory>
xx部分はコメントにあるように

$ su
# cd /home/.sites
# ls
XX server
と出てくるのでXX(数字)を記入。